Ucunda ışıklı küçük bir kamera bulunan ve endoskop adı verilen bir cihaz yardımıyla yemek borusu, mide, onikiparmak bağırsağı ve kalın bağırsağı kapsayan gastrointestinal sistemin incelenmesine olanak veren işleme endoskopi denir. Sindirim sistemi rahatsızlıklarına neden olan faktörün ortaya çıkartılmasında oldukça güvenilir ve etkin bir yöntemdir. Hastalığın teşhisinde kullanılabildiği gibi mide kanaması ve midede yer alan poliplerin alınmasında tedavi amacıyla da yaygın olarak kullanılır. İşlem sırasında herhangi bir tümör oluşumu gözlenirse kesin tanının konulabilmesi ve midede Helicobacter Pylori olarak adlandırılan bakterinin varlığının araştırılması için biyopsi alınabilir. Endoskopi, gastroskopi ve kolonoskopi olmak üzere ikiye ayrılır. Gastroskopi işleminde mide ve onikiparmak bağırsağının bir kısmı; kolonoskopi de ise kalın bağırsağın durumu değerlendirilir.
Kendine ait bir kamerası ve özel bir ışık kaynağı bulunan 8-10 milimetre kalınlığında bükülebilir bir boru yardımıyla yapılan endoskopi işlemi, sindirim sistemi organlarının görüntülenmesini sağlar. Boru üzerindeki kamera yardımıyla alınan görüntüler ekrana yansıtılır ve doktor bu görüntülere bakarak organların iç yüzeyini değerlendirir. İşlem sırasında hastanın oksijen düzeyi ve banız durumu izlenir. Doktor gerekli gördüğünde hastalığın kesin tanısını almak için parça alabilir. Ayrıca kanama varsa kanamayı durdurabilir ya da polipleri çıkarabilir. Üst sindirim sistemi organlarının görüntülendiği gastroskopi işlemi yaklaşık 3-5 dakika, kalın bağırsağın görüntülendiği kolonoskopi işlemi ise yaklaşık 15-20 dakika sürer. Gastroskopi işlemi için hastanın işlem öncesi en az 6 saat hiçbir şey yememesi kolonoskopi işlemi için ise özel ilaçlarla bağırsak temizliğinin en az 2 gün öncesinden yapılması gerekir. Ağrısız ve acısız bir işlem olan endoskopi için hastanın genel sağlık durumunu etkileyen özel bir neden yoksa ön hazırlık olarak kol damarından rahatlatıcı ve hafif uyku yapısı ilaçlar verilir.
Endoskopi işlemi sonrasında genellikle herhangi bir sorun oluşmaz ancak bazı hastalarda birkaç gün boğaz ağrısı hissi oluşabilir. Verilen sakinleştirici ilaçlar nedeniyle hafif uyku hali ya da yorgunluk gözlenebilir. Ancak işlem sonrasını takip eden 48 saatlik zaman diliminde giderek ağırlaşan karın ağrısı, kusma, ağızdan kan gelmesi, ateş ve solunum zorluğu gibi durumlar söz konusu olursa vakit kaybetmeden doktora gidilmelidir.